Amalgame sind kostengünstig und werden noch immer zur Kariesbehandlung eingesetzt. Sie lassen sich einfach verarbeiten und sind lange haltbar, auch bei stark beanspruchten Kauflächen. Amalgame können jedoch bei empfindlichen Patienten zu Unverträglichkeiten wie etwa Allergien führen. Ein großer Nachteil von Amalgamfüllungen ist jedoch, dass ein minimalinvasives Vorgehen wie bei Kunststofffüllungen nicht möglich ist. Der Werkstoff Amalgam braucht eine bestimmte Form und Dicke, so dass nicht wie bei Kunststofffüllungen nur die Karies entfernt wird, sondern eine bestimmte Form in den Zahn reingebohrt werden muss, was zu unnötigen Abtrag von gesunder Zahnhartsubstanz führen kann. Ein weiteres Problem sind die von einer Amalgamfüllung ausgehenden nach Außen wirkenden Kräfte, die zu Rissbildung an den Zähnen führen können. Zähne mit Amalgamfüllungen sind häufig von Rissen betroffen, diese können zum Abbrechen von Zahnteilen bis hin zum Zahnverlust führen.

Insbesondere bei unterschiedlichen metallischen Werkstoffen im Mund, wie zum Beispiel einer Amalgamfüllung und einer Goldkrone, können sich elektrische Mundbatterien bilden. Durch Leitstoffe wie etwa Speichel entstehen dadurch permanente Reaktionen im Mund. Außerdem können sich Temperaturunverträglichkeiten an den Zähnen ergeben.

Untersuchungen haben gezeigt, dass durch Kauen, beim Zähneputzen oder Zähneknirschen giftige Schwermetalle aus dem Amalgam freigesetzt werden können.